Почти одновременно с появлением сякухати в Японии зарождается представление о сакральности музыки, исполняемой на флейте. Предание связывает ее чудотворную силу с именем принца Сётоку Тайси (548-622). Выдающийся государственный деятель, престолонаследник, активный проповедник буддизма, автор исторических сочинений и первых комментариев к буддийским сутрам, он стал одной из самых авторитетных фигур в японской истории. Так, в письменных источниках раннего средневековья говорилось, что, когда принц Сётоку по дороге в храм на склоне горы играл на сякухати, на звуки флейты спустились небесные феи и танцевали. Сякухати из храма Хорюдзи, находящаяся ныне в постоянной экспозиции Токийского национального музея, считается тем уникальным инструментом принца Сётоку, с которого начался путь сакральной флейты в Японии. Сякухати упоминается также в связи с именем буддийского священника Эннина (794-864), который изучал буддизм в танском Китае. Он ввел аккомпанемент сякухати во время чтений сутры, посвященной Будде Амида. По его мнению, голос флейты не только украшал молитву, но с большей проникновенностью и чистотой выражал ее суть.
"Гэндзи моногатари" свидетельствует, что музицирование на сякухати, в том числе и в составе различных ансамблей, было распространено в кругах хэйанской придворной аристократии. Вплоть до этого времени под сякухати, по-видимому подразумевается инструмент, соответствующий китайскому прототипу.
Новый этап в формировании традиции сакральной флейты связан с одной из самых выдающихся личностей периода Муромати Иккю Содзюном (1394-1481). Поэт, живописец, каллиграф, религиозный реформатор, эксцентричный философ и проповедник, в конце жизни настоятель крупнейшего столичного храма Дайтокудзи, он оказал воздействие практически на все области культурной жизни своего времени: от чайной церемонии и дзэнского сада до театра Но и музыки сякухати.
Звук, по его мнению, играл большую роль в чайной церемонии: шум закипающей воды в котелке, постукивание венчика при взбивании чая, бульканье воды, - все было призвано создавать ощущение гармонии, чистоты, почтения, тишины. Та же атмосфера сопутствовала и игре на сякухати, когда человеческое дыхание из глубины души, проходя через простую бамбуковую трубку, становилось дыханием самой жизни. При этом дзэнскому сознанию, которое стремилось к достижению не-двойственности восприятия, в принципе противоречило разделение мира звуков на музыкальные и немузыкальные, подобно тому как во время чайной церемонии все звуковое окружение образует совершенную по красоте симфонию, так и в звуке сякухати "шумовая" часть звукового спектра является не менее важным компонентом звучания, чем та, которая ассоциируется с высотно-определенным тоном. И хотя только при определенных исполнительских приемах она выходит на первый план, ее постоянное присутствие не только осознается музыкантом, но и непрерывно контролируется им. Причем сложность процессов, происходящих в этой области звучания (в диапазоне от почти белого шума до узкополосной зоны, способной формировать отчетливо воспринимаемый контрапункт к основной мелодической линии), безусловно подчиняющихся художественной воле настоящего мастера, имеет аналоги, пожалуй, лишь в новейших композициях, основанных на технике гранулярного синтеза. И у каждого мастера, а особенно у представителей разных исполнительских школ, эта часть звуковой палитры совершенно различна, несет на себе неповторимый отпечаток исполнительской индивидуальности. Однако следует отметить, что при столь изощренной дифференцированности слухового восприятия, необходимой для исполнения и слушания музыки сякухати, весь звучащий комплекс осознается как неделимое целое, так же как именно недвойственность восприятия мира, согласно буддийским представлениям, наделяет человека знанием всех вещей.
В собрании стихов, написанных в классическом китайском стиле "Кёунсю" ("Собрание безумных облаков"), пронизанном образами звука и музыки сякухати, философией звука как средства пробуждения сознания, Иккю пишет о сякухати как о чистом голосе вселенной: "Играя на сякухати, видишь невидимые сферы, во всей вселенной только одна песня".